疑わしい症状が現れた場合には、なるべく早く医療機関にかかり、抗インフルエンザ薬投与による早期治療が必要となります。発症48時間以内の治療開始は必須条件です。現在オセルタミビルの治療法が第一として考えられてはいますが、これまでの成績では、通常のインフルエンザ治療の投与量、投与期間を増やす、他の抗ウイルス剤との併用の必要性も指摘されています。
予防についても、ワクチン接種以外に、抗ウイルス剤の予防投与も考えられています。
感染後は急速に症状が悪化し、最終的には高い確率でインフルエンザウイルス肺炎、もしくはウイルス血症による多臓器不全を起こし、死に至ります。したがって、患者の予後は、肺におけるインフルエンザウイルスの増殖をどれだけ抑えられるかという点に少なからず左右されます。サイトカインとの関係も重要です。
二次性の細菌性肺炎への抗生物質投与、肺炎や呼吸不全、多臓器不全が起こった場合には、呼吸管理を含む支持療法が基本になります。急性呼吸窮迫症候群(ARDS)に対しては、これまでステロイドパルス療法やγグロブリン療法が試みられています。
新型インフルエンザ流行の初期には、感染の拡大を防ぐため、罹患者は病状の程度にかかわらず入院勧告の対象となります。

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